南京市地铁交通设施保护办公室成立于2008年12月2日,是南京地下铁道工程建设指挥部(南京地铁集团有限公司)直属正处级单位,根据《南京市轨道交通条例》的相关规定,履行保护区安全巡查与执法管理、运营安全与环境秩序治理职能。办下设行政(人资)科、党群(监察)科、指调(信息)科、法务案审科、后勤科5个科室,5个综合行政执法大队和1个保护区行政执法大队,共有人员535名。