南京市地铁交通设施保护办公室成立于2008年12月2日，是南京地下铁道工程建设指挥部（南京地铁集团有限公司）直属正处级单位，根据《南京市轨道交通条例》的相关规定，履行保护区安全巡查与执法管理、运营安全与环境秩序治理职能。办下设行政（人资）科、党群（监察）科、指调（信息）科、法务案审科、后勤科5个科室，5个综合行政执法大队和1个保护区行政执法大队，共有人员535名。