南京市地铁交通设施保护办公室成立于2008年12月2日，是南京地下铁道工程建设指挥部（南京地铁集团有限公司）直属正处级单位，根据《南京市轨道交通条例》的相关规定（以下简称为《条例》），对危害地铁交通运营安全、妨碍运营服务、扰乱运营秩序的行为实施行政处罚。办下设五个科室（行政人资科、党群（监察）科、指调信息科、法务案审科、后勤科）、五个基层执法大队（委托执法大队、票务稽查大队、授权执法三个大队），共有人员341名。