南京地铁运营有限责任公司于2012年12月31日正式挂牌成立。公司职能为营运服务公司,受南京地铁集团有限公司委托,负责现有427公里线路的运营管理、乘客服务及设施设备的维修保养,同时担负起网络化运营的筹备任务。