林场站
林场站是南京地铁3号线第一个车站，位于老山林场附近，浦泗路与龙盘路交汇处南侧，呈东西走向。
星火路站
星火路站为南京地铁3号线地下站，位于南京市高新区星火路和规划中心路交叉口。该站为地下两层车站，共有4个出入口。
东大成贤学院站
东大成贤学院站位于高新路和规划中心路路口，偏路口北侧，路口西南侧是东大成贤学院。
泰冯路站
泰冯路站位于泰冯路与规划中心大道的交叉口，为南北走向，该站为S8宁天城际线和三号线的换乘站。
天润城站
天润城车站位于天润城十二街区东百润路地下，地下共2层，呈东西走向，车站总面积18650平方米，紧邻天润城小区。
柳洲东路站
柳洲东路站位于柳洲东路与江山路交汇处，地下共2层侧式站台，呈南北走向，紧邻苏宁威尼斯水城。
五塘广场站
五塘广场站位于中央北路与幕府东路交界处，地下共3层，呈南北走向，车站设有1、2、3、4四个出入口，车站四面均有住宅小区分布。
小市站
小市车站位于和燕路和中央北路交叉路口东南侧地下，地下共2层，呈东南-西北走向。
南京站
南京站位于黄家圩路和红山南路的交界处，靠近南京火车站，小红山客运站和玄武湖公园环湖路。该车站为一号线和三号线的换乘站。
南京林业大学·新庄站
南京林业大学·新庄站位于新庄立交桥南侧，龙蟠路东侧，邻近南京林业大学和南京国际展览中心，呈南北走向。
鸡鸣寺站
鸡鸣寺站位于太平北路和北京东路的交叉路口。地下共3层，呈南北走向，紧邻古鸡鸣寺景区。
浮桥站
浮桥站是南京地铁3号线第十三号车站，位于太平北路与珠江路交叉路口北侧处地下，呈南北走向，紧邻华海电子城。
大行宫站
大行宫站位于太平北路、太平南路和中山东路交叉口，周围有南京图书馆、总统府、新世纪广场。该站为二号线和三号线的换乘站。
常府街站
常府街站位于太平南路地下，紧临小火瓦巷、户部街、常府街的交界处，地下共2层，呈南北走向，紧邻太平商场、郑和公园。
夫子庙站
夫子庙站位于江府路和建康路交叉路口北侧，西南方向为夫子庙景区。
武定门站
武定门站位于长乐路、江宁路、马道街的交界处，地下共2层，呈南北走向，紧邻白鹭洲公园景区。
雨花门站
雨花门站位于应天大街、江宁路、晨光路的交界处，地下共两层，呈南北走向。
卡子门站
卡子门站位于秦淮区晨光路与明匙路交叉路口西侧，世纪广场东侧，地下共2层，呈南北走向，紧邻宜家家居。
大明路站
大明路站位于卡子门大街与大明路交界十字路口处，地下共2层，呈南北走向，紧邻大明路国际汽车商业街区。
明发广场站
明发广场站是南京地铁3号线第21个车站，位于站东路东侧平行于农化河，地下共2层，呈南北走向。
南京南站
南京南站位于机场高速公路以东、宁溧公路和双龙大道以西、绕城公路以南、宏运大道以北，呈南北走向。该站为一号线、三号线、S1机场线换乘站，同时与高铁南京南站、长途汽车南站、南京南站公交场站组成了南京市最大的市内交通与城际交通的换乘中心。
宏运大道站
宏运大道站位于宏运大道与明城大道交汇处、高铁南京南站正南方向。
胜太西路站
胜太西路站位于胜太路、胜太西路、利源北路、利源中路的交界处，地下共2层，呈南北走向。
天元西路站
天元西路站位于利源南路与天元西路交叉路口，沿利源南路路中南北向布置。
九龙湖站
九龙湖站位于清水亭西路与长亭路交叉路口西侧，地下共2层，呈东西走向，紧邻九龙湖公园。
诚信大道站
诚信大道站位于诚信大道、双龙大道的交界处，地下共2层，呈南北走向。
东大九龙湖校区站
东大九龙湖校区站是南京地铁3号线第二十八号车站，位于双龙大道与吉印大道交叉路口北侧，西南侧为东大九龙湖校区，呈南北走向。
秣周东路站
秣周东路站位于双龙大道与秣周东路交汇处，车站为地下两层侧式车站，呈南北走向，秣周东路站为3号线第29号车站、上行线终点站。
泰山新村站
泰山新村站位于泰山新村转盘南侧的大桥北路下，“泰山新村”为浦口的一个自然村，因紧邻泰山新村因此而得名。车站为地下两层岛式站台车站，第一层为站厅及办公用房，第二层为站台层及设备房。整个车站设有两个出入口。1号口通往大桥北路；2号口通往宁六路，两个出入口同在马路一侧。
高新开发区站
高新开发区站位于学府路于六合大道交叉口北侧500米左右，为底层架空高架三层岛式车站，站后设一条事故列车停放线，呈南北走向，紧邻“南京高新技术开发区”。车站留有2个出入口。1号口位于宁六路东侧；2号口（过街天桥）位于宁六路西侧。
信息工程大学站
信息工程大学站为地上二层侧式站台，高架一层为站厅，二层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口位于车站南方位，通向南京信息工程大学（宁六路南）；2号口位于车站北方位，通向宁六路北（六合方向）。毗邻楼盘盘金华府等和居民生活配套点。
卸甲甸站
卸甲甸车站位于江北宁六公路与芳庭路交叉口南侧，因当年项羽领兵卸盔甲修整而得名因车站临近此区域，故传承和弘扬老地名而得名。车站为路中三层高架车站。整个车站留有两个出入口。1号口位于芳庭路东侧，直通芳庭潘园小区；2号口位于宁六路西侧，直通泰亿市场、草芳新苑和晓山北村、杨庄小区等。
大厂站
大厂站位于健民路与宁六路丁字路口北侧，呈南北走向。车站为地上三层侧式站台车站，一层为附属设备用房，二层为站厅层，三层为站台。整个车站留有两个出入口。1号口位于宁六路东侧，直通福基旭东新城小区和阿尔卡迪亚小区；2号口位于宁六路西侧，直通葛塘新城管委会。
葛塘站
葛塘站位于杨村路与六合大道交叉路口的北侧，呈南北走向，紧邻葛塘长途汽车站。车站为高架三层岛式站台，地上二层为站厅层，地上三层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口位于车站西面，通往宁六路东侧；2号口位于车站东面，通往宁六路西侧。
长芦站
长芦站位于六合大道和乙烯路交叉口南侧。“长芦”为南京长江北岸重要的区域名称。以该车站邻近的原“长芦镇”区域而取名。车站为高架二层岛式车站，一层为站厅，二层为站台层。整个车站有一个出入口。1号口位于车站北边，通往扬子乙烯路与宁六公路交叉口。
化工园站
化工园车站位于六合大道与方水路交叉口，呈南北走向。紧邻南京化工园交易大楼。车站为高架二层岛式站台，一层为站厅，二层为站台层。整个车站1个出入口。1号口位于车站东北方位，通往宁六路、方水路。
六合开发区站
六合开发区车站位于六合大道、白果东路、农场河路交叉口南侧，呈南北走向，紧邻南京市种子公司、南京市菲时特管业公司、龙池中学。车站为高架二层岛式站台，一层为站厅，二层为站台层。整个车站留有1个出入口。1号口位于车站东南方位，通往宁六路。
龙池站
龙池站位于六合大道与白果东路交叉口东南侧，呈南北走向。紧邻六合客运站。车站为地下二层岛式站台，负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站留有三个出入口。1号口位于车站西南方位通往浦六路、宁六路；2号口位于车站西方位，通往宁六路；3号口位于车站北方位，通往宁六路。
雄州站
雄州站车站位于雄州西路、雄州东路、龙津南路、宁六路的交界处，呈南北走向，紧邻六合区区中心。车站为地下二层岛式站台，负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站留有四个出入口。1号口位于车站西南方位，宁六路；2号口位于车站西北方位，通往龙津南路；3号口位于车站东北方位，雄州西路；4号口为预留口。
凤凰山公园站
凤凰山公园车站位于延安路与泰苑路交叉口，毗邻凤凰山公园东大门，以该车站紧邻景色秀丽的“凤凰山公园”而取名，车站呈南北走向。车站为地下二层岛式站台，负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站留有两个出入口。3号口位于延安北路，通向聚福园小区；4号口位于延安路，通往供电公寓。
方洲广场站
方州广场路位于六合区延安北路、气象路与机场东路的交界处，紧邻方州文化休闲广场，呈南北走向。车站为地下二层岛式站台，负一层为站厅，负二层为站台层。1号口位于车站西北方位，通往幸福城小区；2号口位于车站西南方位，延安北路；3号口位于车站东南方位，通往方州文化休闲广场；4号口位于车站东北方位，通往气象路。
沈桥站
沈桥车站位于金江公路于长平路交叉路口，呈东西走向。车站为地面高架三层侧式站台，二层站厅，三层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口位于车站北侧，金江公路北侧；2号口位于车站南方位，通往金江公路南侧。
八百桥站
八百桥车站位于金江公路于金牛湖的交汇处，呈南北走向，紧邻八百镇。车站为高架三层侧式站台，一层为设备房及商铺，二层为站厅层及办公区，三层为站台层。整个车站留两个出入口。1号口位于车站西北方位，通往金牛湖、冶山、龙王；2号口位于车站东北方位、东南方位，通向金牛湖、八百镇。
金牛湖站
金牛湖站位于金牛湖风景区内，呈南北走向，紧邻金牛湖风景区。车站为南北走向，高架二层侧式站台，一层为站厅，二层为站台层。整个车站有两个出入口。1号口位于车站西面，外面通往金牛湖景区的路；2号口外是站前广场。
龙江站
龙江站车站位于草场门大街、江东北路的交界处，地下共2层，呈东西走向，紧邻江苏省妇幼保健院、新城市广场。
草场门站·南艺·二师
草场门站·南艺·二师位于北京西路、虎踞北路的十字路口，车站主体沿北京西路设置，跨越虎踞北路。
云南路站
云南路车站位于北京西路和云南路交界处，地下共2层，呈东西走向，紧邻南京大学本部。
鼓楼站
鼓楼站为地下三层岛式车站，总建筑面积为17063平方米，车站总长度为201.70米，总宽度为23.05米，车站顶板覆土平均厚度为1.20米，车站平均埋深约为18.98米，一号线和四号线在此换乘。
九华山站
九华山站位于北京东路东面，地下共2层（不含办公区夹层），呈西向东走向，紧邻玄武湖公园、九华山公园、太平门。
岗子村站
岗子村站位于龙蟠路和板仓街、北安门街交汇路口，地下共2层，呈南北走向。
蒋王庙站
蒋王庙车站位于蒋王庙街道，地下共3层，呈东西走向，紧邻钟山风景区。
王家湾站
王家湾站位于东方路与蒋王庙街丁字路口南侧的钟山风景区绿地内，地下共2层，呈东西走向。
聚宝山站
聚宝山车站位于玄武大道辅道聚宝山庄南门旁，地下共2层，呈东西走向，紧邻紫金山景区。
徐庄站·苏宁总部
苏宁总部—徐庄站位于苏宁大道与东来路交界处，地下共2层，呈东西走向，紧邻苏宁总部，途牛，江苏软件园等。
金马路站
金马路位于紫金山客运枢纽用地范围，北向麒麟路，南邻黄马立交 西侧背靠百水河，东侧平行于凯旋路设置，车站地面二层岛式站台车站，车站总长181.4m,宽30.14m,高12 .41m.建筑面积7750.8 m²。二号线、四号线在此站换乘;
汇通路站
汇通路车站位于南京市栖霞区汇通路终点，地下共2层，呈东西走向。
灵山站
灵山站位于其东线上，地下共3层，呈东西走向，紧邻灵山大厦。
东流站
东流车站位于东流村旁，地下共2层，呈东西走向，无商业区。
孟北站
孟北车站位于大寨路尽头，地下共2层，呈西南至东北走向，紧邻庙山湖。
西岗桦墅站
西岗桦墅站位于栖霞区的龙其线公路东南侧（“千亩地村”旁边），地下共2层，呈东西走向。
仙林湖站
仙林湖站位于纬地路东侧，南京熊猫液晶谷西侧，高架三层，呈南北走向，紧邻（在建中）万达茂东北侧。
百水桥站
百水桥站为地下岛式站台，共2层，一层为办公区、设备区和站厅，负一层为站台和设备区。车站共有两个出入口，分别在马高路麒麟门大街交叉路口东西两侧。
麒麟门站
麒麟门站为地下岛式站台，共2层，一层为设备区、办公区、站厅，二层为站台。车站共有三个出入口，分别在开城路与麒麟门大道东侧。
东郊小镇站
东郊小镇站为高架岛式站台，共3层，一层为设备房、商铺及出入口，二层为办公区和设备房，三层为站台。车站共有两个出入口，分别在车站的北侧和西侧。
古泉站
古泉站为高架岛式站台，共2层，一层为设备区、办公区、站厅，2层为站台。车站共有两个出入口，都位于426县道的南侧。
南京猿人洞站
南京猿人洞站为地面两层双岛四线越行车站，共2层，一层为设备区、办公区和站厅，二层为站台。车站有两个出入口，均为海泽路以西。
汤山站
汤山站为地下两层岛式车站，共2层，一层为站厅及办公用房，二层为站台层及设备房，共设有四个出入口，1、3号口位于圣汤大道南北两侧，2、4号口位于汤泉东路东西两侧。
泉都大街站
泉都大街站为地下岛式站台，共2层，一层为办公区、设备区和站厅，一层为站台，车站共有四个出入口，分别位于圣汤大道和泉都大街交叉路口处。
黄梅站
黄梅站为高架岛式站台，共2层，一层为站厅、办公设备区，二层为站台。车站共两个个出口，均位于宁容快速路南侧。
童世界站
童世界站为高架岛式站台，共3层。一层设备区，二层为办公区和站厅，三层为站台。车站共有两个出入口，分别在宝华山路的南北两侧。
华阳站
华阳站为高架侧式站台，共3层。一层为商铺、设备区，二层为办公区和站厅，三层为站台。车站有四个出入口：2A，2B，1A，1B，分别在杨塘路的东西两侧。
崇明站
崇明站为岛式地下站，共2层，一层为站厅及办公用房，二层为站台及设备用房，共有四个出入口，1、2、3、4分别位于宁杭南路和镇句路交叉口。
句容站
句容站为岛式地下站，共2层，一层为站厅及办公用房，二层为站台及设备用房。共有三个出入口，1、2、4分别位于二圣路和宁杭南路交叉口。
迈皋桥站
迈皋桥站为高架岛式车站，总建筑面积为4909平方米，车站长度为213.189米，宽度为19.3米,车站高度为16.50米。
红山动物园站
红山动物园站为高架车站，车站总建筑面积为5855平方米，车站长度为142米，宽度为26米。车站高度为13.39米。
新模范马路站
新模范马路站为地下二层双柱岛式车站，总建筑面积10691平方米，车站总长度为239.7米，车站主体宽度20.60米。
玄武门站
玄武门站为地下二层双柱岛式车站，总建筑面积：11954平方米。车站总长度195.2米，主体宽度21.6米，车站顶板平均覆土厚度2.1米，埋深约14.5米。
珠江路站
珠江路站为地下二层岛式车站，总建筑面积为11602平方米，车站总长度为198.70米，总宽度为21.20米，车站顶板覆土平均厚度为3.12米，车站底板平均埋深约为15.61米。
新街口站
新街口站位于汉中路、新街口十字路口和中山东路地下，东西向横跨中山南路，地下一层为商业层，地下二层为站厅层，地下三层为站台层。该站为一号线，二号线的换乘车站。
张府园站
张府园站为地下二层岛式车站，总建筑面积10601平米，车站主体总长为218.4米，总宽度为20.15米。
三山街站
三山街站为地下二层岛式车站，总建筑面积为12880平米，车站总长度为226.6米，总宽度为62.49米，标准段宽度为21.60米，车站顶板覆土平均厚度为3.00米，车站底板平均埋深约为14.91米。
中华门站
中华门站为三层高架车站，车站总建筑面积为4128.66平方米，车站总长度为168.80米，车站标准段宽度为18.90米，车站最宽处宽度为38.00米，车站高度为18.83米。
安德门站
安德门站为二层半地面、半高架车站。车站总建筑面积为4860.80平方米，车站总长度为142米，总宽度为23.30米，车站总高度为15.9米。该站为一号线、十号线的换乘车站。
天隆寺站
车站位于南京市雨花区宁丹路(安德门]大街) 偏西侧机动车道下，南京中昊汽车服务有限公司及圣美伦（南京)香水有限公司东侧。为地下三层局部三层单柱两跨侧式站台车站，车站长度172.650米，标准段宽度19米，总建筑面积10922 平米。
软件大道站
车站位于南京雨花区共青团路与宁南大道十字交叉口处。地下两层10m宽岛式站台车站，车站长255米，宽19.0米，总建筑面积11870平米。
花神庙站
花神庙站设置在宁南大道与规划茶花路交叉路口西侧的宁南大道下。本站为标准地下两层岛式站合车站。车站总建筑面积10858 m²，车站总长192米。
双龙大道站
车站位于宏运大道与宁溧路交叉路口的西南侧。本站为标准地下两层岛式站台车站。车站总建筑面积9843 m²，车站总长187米。
河定桥站
河定桥站位于宁溧路和秦淮路交口的西南角。车站主体纵向平行于宁溧路、垂直于秦淮路设置。本站为地下二层岛式站台，南端设有存车线，存车线上方为商业开发空间。车站总长为492.40m,标准段宽19.00m。车站总建筑面积21082 m²。
胜太路站
胜太路站位于宁溧路与胜太路的交叉路口。本站为标准地下两层岛式站台车站。车站总长166.8米，标准段宽度为19.Om,采用10m宽岛式站台。车站总建筑面积10814 m²。
百家湖站
百家湖站位于宁溧路与天元路交叉路口以北、道路西侧的凤凰港地块内，本站为标准地下两层12米宽岛式站台车站，车站总长度为210.2m,标准段宽度为21.2m。车站总建筑面积11168 m²。
小龙湾站
小龙湾站位于泰淮新河西侧规划的沿河路与天元中路交叉路口西北象限内，车站为地面厅高架站台车站，侧式站台，外包尺寸为141X24.12m，车站总建筑面积6486 m².紧临车站北侧为地铁商业配套，共4层，大约3万平米。
竹山路站
竹山路站为路中高架车站，侧式站台，主体在天元中路5m宽的中央绿化带上方，地面一层为车行道，二层为站厅层，三层为站台层。管理用房设置在天元中路道路红线以南地块内，与竹山商贸中心结合设置。车站标准段结构外包尺寸为141mX16.42m。车站总建筑面积6042 m²。
天印大道站
天印大道站位于天元东路、天印大道十字路口西侧。沿天元东路呈东西走向布置。该站站为路中高架车站，侧式站台。主体在天元中路5m宽的中央绿化带上方。设备管理用房设置在苹果都市西侧的空地内，车站标准段结构外包尺寸为141mX16.42m。车站总建筑面积为6774 m²。
龙眠大道站
车站为路中高架车站，侧式站台。主体设在天元东路和规划支路丁字路口东侧。 路中绿化带上，车站设备管理用房均设置在天元东路道路红线以北临天景山小区。 南侧为义乌小商品城。车站总建筑面积为10635 m²
南医大·江苏经贸学院站
经贸学院站位于丽泽路与龙眠大道交叉路口，沿龙眼大道布置。路口东北侧为南京医科大学。西南侧为旅游学校，西北侧经贸学院。车站主体沿道路南北方向布置在路中8米绿化带上方，车站东西两侧的出入口设置在道路红线外的人行道上，设备管理用房设置在路口西侧空地中。该站为路中高架车站，侧式站台。主体二层为站厅层，三层为站台层。设备管理用房为二层，设置在路口西侧未拍卖的空地中，车站外包总长为141m，总宽16.82m，总高19.20m，站台宽为4.7m,车站总建筑面积5746.3 m²
南京交院站
车站设置于格致路与龙眠大道路口，沿龙眠大道布置。车站东侧为南京交通职业技术学院，西侧为未出让地块，东北侧为海事职业技术学院， 车站主体沿道路南北方向布置在路中8米绿化带上方， 车站东西两侧的出入口设置在道路红线外的人行道上，设备管理用房布置在西侧的地块。该站为路中高架车站，侧式站台，主体二层为站厅层，三层为站台层。设备管理用房设置在路口西侧的地块上。在道路两侧分别布置了一组楼扶梯和电梯，乘客和行人可从道路南北侧经过楼扶梯上天桥进站或过街。车站总建筑面积5851.7 m²
中国药科大学站
药科大学站为南京地铁一号线南延线的终点站，车站主体位于龙眼大道中国药科大学主入口南侧，东侧为药科大学， 西侧为南延线停车场。 车站为侧式高架站， 路中为车站主体，路侧为站房（与大学城高架停车场结合设置），主体和站房通过过街天桥连接，设置两个出入口位于道路两侧。主体总长141.0m ，总宽17.62m，总高为19.5m，站台宽为4.7m。总建筑面积5800m²。
经天路站
经天路站位于仙林大道南侧，沿仙林景观大道平行布置；车站西北侧是江苏体育训练中心(距离车站300m) ，西南侧是南京佳业有限公司(距离车站500m)，车站地面二层鱼腹式岛式车站，总长141.25 m,宽19.1m,高18.68 m。建筑面积5162 m²。
南大仙林校区站
南大仙林校区车站位于仙林大道路段南侧，路北侧是南京大学仙林校区。车站地面二层鱼腹式岛式车站，车站总长141.25m，宽26.30m,高17.49m。建筑面积5696 m²。
羊山公园站
羊山公园车站位于仙林大道路段内，沿仙林景观大道平行布置；车站南侧是南京中医药大学，车站的西侧是仙境路。车站地面二层鱼腹式岛式车站，车站总长141.25m，宽19.77m，高20.22建筑面积5162m²。
仙林中心站
仙林中心车站位于仙林大道北侧，路南侧是汇杰文庭，东侧为栖园。车站地面二层鱼腹式岛式车站，车站总长141.25m，宽20.39m。建筑面积5111m²。
学则路站
学路车站位于仙林大道北侧，路南侧是应天技术学院，路西北侧现为亚东城。为地面二层鱼腹式岛式车站，车站总长140 m,宽19.24m,高17.18m。建筑面积5109m²。
仙鹤门站
车站西临凯旋路，沿仙林景观大道平行布置，设置在仙林大道北侧道路红线内20米范围内。为地面二层鱼腹式岛式站台车站，车站总长140m，宽20m。建筑面积5312m²。
马群站
车站位于宁杭公路马群段中心绿岛上空。车站为高架三层侧式站台车站，车站总长140m,宽16.8m,高20.3m。建筑面积6714m²。
钟灵街站
钟灵街站位于宁杭公路和沪宁高速公路之间的一块空地里。车站用地范围的南侧为50m宽(红线宽度)宁杭公路，路南侧是江苏省农科院。车站北侧是沪宁高速公路，为地下二层岛式站台车站，车站总建筑面积10445m²。
孝陵卫站
孝陵卫站位于孝陵卫地区中心，宁杭公路北侧，孝陵卫西沟左侧，车站南侧分布有南京理工大学、南京市中山医院、南京市工业泵厂，车站地下二层岛式车站，车站总长172.4m,宽19m,高12.86m,建筑面积11330m²。
下马坊站
车站位于宁杭公路北侧，站位以南为南京农业大学，盒陵富绅花园，站位的西北面是下马坊遗址公园，东北面是熊猫电视机厂及部分低矮住房。车站地下二层岛式车站，车站总长172.4m,宽19m、高14.11，建筑面积9586.7m²。
苜蓿园站
苜蓿园车站位于宁杭路的交叉口西侧宁杭公路北侧，站位以南是南京市中山中学、程虹加油站、残疾人俱乐部、康复娱乐中心园。车站地卞二层岛式车站，车站总长199.68m，宽20.8m，高14.46m,建筑面积11015.5m²。
明故宫站
明故宫站车站位于中山东路和御道东街、明故宫路的交叉口东侧的道路红线范围内。周围有明故宫遗址、午朝门公园、南京航空航天大学，车站地下二层岛式车站，车站总长191.4m，宽24m,高21.89，建筑面积13771m²。
西安门站
车站位于龙蟠中路与中山东路交叉路口的东南侧路面下，呈东西走向。周围有熊猫集团、军区总院、西华门遗址，车站地下三层岛式车站，车站总长162m,宽25.4m，高18.51,建筑面积12863m²。
上海路站
上海路站位于上海路和汉中路交叉口，周围有南京医科大学、省口腔医院、省中医院，车站地下三层岛式车站车站总长211.4m,宽21.8m,高12.66m，建筑面积11140m。
汉中门站
汉中门站位于虎踞路和汉中路交叉口，，周围有汉中门广场、汉中门长途汽车站、南京中医药大学，车站地下三层岛式车站，车站总长161.5m，宽20.9m,高17.71m,建筑面积14917m²。
莫愁路站
莫愁湖站位于莫愁湖西路和汉中门大街交叉口，毗邻莫愁湖公园，车站地下三层岛式车站，车站总长202.2m,宽21m,高13.1m,建筑面积12745m²。
云锦路站
云锦路站车站位于水西门大街、茶南商业大街、茶亭东街路、纪念馆东路交叉位置处的水西门大街上，车站地下三层岛式车站，车站总长174.4m,宽25m,高13.79m，建筑面和9679 m²。
集庆门大街站
集庆门大街车站位于江东南路与集庆门大街交叉路口的西侧。车站地下二层岛式车站，车站总长312.2m，宽48.2 m,高16.26 m,建筑面积32674.2m²。
兴隆大街站
兴隆大街站位于江东南路(经四路) 与赛上路交叉口的北侧，浅埋于江东南路东侧20m规划绿化带内。车站地下三层岛式车站，车站总长305.44m,宽23.2m,高12.76m,建筑面积12377m².
奥体东站
奥体东站站位沿线路设于经四路路中，车站位于奥体中心东东门。车站东北侧为规划广场用地,东南侧为联强国际大厦; 车站对应的经四路以西为奥林匹克体育中心。车站地下二层岛式车站，车站总长192.1m,宽21.3m,高13.3m,建筑面积19346 m²。
元通站
元通站设在河西新城区沿线路南北方向布置于规划80米宽经四路路中，纬九路与经四路交叉口处地下。车站周围是河西新城区规划待建或正在建设项目用地。该站是二号线与十号线的换乘车站，两站形成十字型换乘。
雨润大街站
雨润大街站位于南湖路和黄山路交叉口下方。车站主体纵向平行于黄山路、垂直于南湖路设置。南湖路为40米规划城市主干道，黄山路为24米宽规划城市次干道，车站地下二层岛式车站，车站总长171.4m，宽19m,高12.66m,建筑面积9812.75m²。
油坊桥站
油坊桥站为二号线一期工程起点站，站位周边为建筑稀少的城乡结合部，主要是村庄及农舍，车站平行手南河设置，位于河堤西侧，车站为地面二层井附带商业开发，车站总长143 .6m,高23 .95m,车站主体建筑面积5686m² (不含商业开发)。二号线、宁和线在此站换乘;
螺塘路站
螺塘路站位于秦新路与永初路交汇处，是南京地铁2号线和7号线的换乘站。站厅呈东西走向，车站为地下二层岛式车站，负一层为站厅层，负二层为站台层。共设有3个出入口，分别位于秦新路南北两侧。
青莲街站
青莲街站位于秦新路与青莲街交叉路口西侧，呈东西走向，紧邻秦新名邸小区。车站为地下二层岛式车站，负一层为站厅层，负二层为站台层。共设有4个出入口，分别位于秦新路南北两侧。
天保街站
天保街站位于秦新路段内，车站为地下两层岛式站台车站，站后设出入段线接鱼嘴停车场。本站有效站台宽度为11.5m，站台有效长度为140m，车站标准段宽度为20.6m，车站总长度为388.8m。车站总建筑面积为21530㎡
鱼嘴站
鱼嘴站位于秦新路上，呈东西走向。车站为地下二层侧式站台，共设有4个出入口，8号口通往鱼嘴湿地公园。车站标准段宽度为22.6m，总长475.8m，建筑面积22944.1㎡。
雨山路站
雨山路地铁站位于雨山路地下，近雨山路与宁乌公路交界处，呈东西走向，是十号线的折返站。车站为地下二层岛式车站，负一层为站厅层，负二层为站台层。整个车站留有5个出入口。1、2、3、4、5号口分别位于雨山路与宁乌公路交界处两侧
文德路站
文德路车站位于凤凰大街、文德路的交界处，地下共2层，呈东西走向，紧邻凤凰山公园景区。车站为地下二层岛式站台,负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站留有三个出入口。1号口位于车站东北方位，通向凤凰大街； 2号口位于车站西北方位，通向文德路西侧；3号口位于车站西南方位，通向文德路西侧。
龙华路站
龙华路是江北浦口区珠江镇中心，位于龙华路、珠江路、文德东路、公园北路和白马路五岔路口交界处，星东西走向。车站为地下两层岛式站台，负一层为站厅层，负二层为站台层，车站规划有五个出入口。1号口位于车站东北方通向龙华路西侧: 2号口位于车站西南方位，通向公园北路和文德东路，3号口位于车站东南方位通向珠江路。另有两个预留口。
南京工业大学站
南京工业大学站位于新城总部大厦对面，在浦口大道与新浦路交汇处西侧，地下共2层，呈南北走向。车站为地下二层岛式站台，负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站留有3个出入口。1号口位于车站东南方位。通向新涌路、浦百大道东侧; 2号0位于车站东北方位，通向油珠南路、浦口大道东侧3号口位于车站西南方位。通向新浦路、浦口大道西侧。
浦口万汇城站
浦口万汇城站位于浦口大道、浦滨路，中心大道的交界处，地下共2层，呈南北走向，车站为地下二层岛式站台，负一层为站厅。负二层为站台层。整个车站留有三个出入口。1号口位于车站东南方位，通向浦口大道、镇南河路南侧中心大道西侧: 2号口位于车站东北方位。通向渊口大道，8号口位于车站西南方位，通向光明路、浦滨路东侧。
临江·青奥体育公园站
临江站位于临江路与浦口大道的交界处，为地下两层岛式车站，呈西南走向紧邻长江隧道收费站。车站为地下两层岛式车站，负一层为站厅，负二层为站台，车站站厅、站台总面积为5650平方米，车站全长200.6米。车站有1号.2两个出口，4号口为预留出口(暂不开放)。其中1号口通向浦口大道，镇南河路; 2号出口通向浦滨路、浦口大道。
江心洲站
江心洲站是位于城西南长江之中江心洲岛上，葡园路地下，呈东西走向。车站为地下二层岛式站台,负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站留有2个出入口，1号口位于穿洲公路西侧，2号口位于穿洲公路东侧。
绿博园站
绿博园车站位于扬子江大道、月安街、螺丝桥大街的交界处，地下共3层，呈东西走向，紧邻绿博园景区。站为地下三层岛式站台,负一层为站厅，负二层为站台层，负三层可换乘九号线。整个车站留有12个出入口。1号口和3号口通向扬子江大道；2号口位于车站西北方位，通向绿博园；6号口，9号口，10号口通向月安街；其余出入口为预留口。
梦都大街站
梦都大街站为地下二层岛式站台,负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站留有5个出入口。1号口位于车站东南方位，通向梦都大街；2号口位于车站东北方位，通向松花江西街；3号口位于车站西北方位，通向乐山路；4号口位于车站的南北中间方位，通往乐山路；5号口位于车站西南方位，通往梦都大街。
奥体中心站
奥体中心站位于南京市西南规划的河西新区，奥体中心西侧，车站两侧为规划的长途汽车总站，车站与奥体中心间是规划的35米宽的上新河路,车站南端为规划60米宽的元通站1.743KM。
中胜站
中胜站位于南京市新城区，处于规划中的纬九路与南湖路交汇处，目前站位周边为农田、鱼塘，以及一些少量的低层建筑。根据河西新城区的初步规划，十字路口的西北角为商业用地；东北角为公共绿地；其他均为住宅用地；在南湖路的东侧，紧靠红线，规划有一条河道。
小行站
小行站为地上三层高架车站，首层为商业层，二层为站厅层，三层为站台层，车站总建筑面积为5936.37m²。车站主体总长度为145.80米,车站主体总宽度为22.50米，车站总高度为17.85米。
景明佳园站
景明佳园车站设计为地下二层岛式站台，负一层为站厅，负二层为站台。景明佳园站有3个出入口，1号口通往景明佳园小区方向，2号口通往景明佳园小区对面，3号口通往南京城南机动车环保监测站方向。
铁心桥站
铁心桥站为地下二层岛式站台,负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站目前留有三个出入口，另有4号口在建。1号口位于车站东北方位，通向龙翔路（在建）北侧；2号口位于车站西北方位，通向铁心桥大道北侧；3号口位于车站西南方位，通向铁心桥大道南侧；4号口位于车站的东南方位，目前在建，通向龙翔路南侧。
春江路站
春江路站为地下三层岛式站台,负一层为风道层，负二层是站厅，负三层为站台层。整个车站留有四个出入口。1号口位于车站东南方位，通向春江路、西春路；3号口位于车站西北方位，通向江泉路；2号口和4号口为预留口。
贾西站
贾西站为地下二层岛式站台,负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口位于车站西南方位，通往华新路；2号口位于车站东北方位，通往华新路。
永初路站
永初路站设计为地下两层岛式车站；第一层为站厅层，第二层为站台层。车站共设有4个出入口，1号口、2号口、3号口以及4号口皆通向友谊街。
平良大街站
平良大街站设计为地下两层岛式车站；第一层为站厅层，第二层为站台层。车站共设有4个出入口，其中1号口为预留口，目前未建已封堵。2号口、3号口以及4号口皆通往平良大街和江东南路。
吴侯街站
吴侯街站为地下二层岛式站台,负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站有四个出入口，其中1号口是车站预留出入口。2号口位于车站西北方位，通向江东南路；3号口位于车站西南方位，通向江东南路；4号口位于车站东南方位，通向江东南路。
高庙路站
高庙路站为地下二层岛式站台,负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站有三个出入口。1号口位于车站东北方位，通向龙王大街；2号口位于车站东北方位，通向龙王大街；3号口位于车站东南方位，通向高庙路。
天保站
天保站为地面二层岛式站台,地面二层为站厅，地面层为站台层。整个车站留有一个出入口。1号口位于车站西北方位。
刘村站
刘村街站为地上三层岛式站台,地上二层为站厅，地上三层为站台层。整个车站留有2个出入口。1号口位于车站中间偏北方位，通向绕城公路；2号口位于车站中间偏南方位，通向龙藏大道与弘阳装饰城相邻。
马骡圩站
马骡圩站为地上二层岛式站台,地上一层为站厅，地上二层为站台层。整个车站留有七个出入口。1、2号口位于车站西方位；3号口位于车站南方位；4、5、6、7号口位于车站东方位，所有出口通向丰子河路。
兰花塘站
兰花塘站为高架岛式站台，共3层，一层为设备区，二层为办公区和站厅，三层为站台。车站共有2个出入口，分别在丰子河路的东西两侧。
双垅站
双垅站为高架三层岛式站台,一层为设备层，二层为站厅层，三层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口位于车站西南方位，通向蔡家圩；2号口位于车站西北方位，通向新村。
石碛河站
石碛河站为地上三层岛式站台,一层为设备层，二层为站厅层，三层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口2号口均位于林河路北侧，丰子河路边。
桥林新城站
桥林新城站为地上三层岛式站台,一层为设备层，二层为站厅层，三层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口2号口均位于林河路南侧，丰子河路边。
林山站
林山站为地上三层岛式站台,二层为站厅，三层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口位于车站东北方位，通向603县道；2号口位于车站东南方位，通向603县道。
高家冲站
高家冲站为地上三层岛式站台,二层为站厅，三层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口位于车站东北方位，通向南一路；2号口位于车站东南方位，通向南一路。
翠屏山站
翠屏山车站位于胜太西路和将军大道交界处东南侧，呈南北走向，紧邻胜太西路。
河海大学·佛城西路站
佛城西路车站位于将军大道和佛城西路的交界处，呈南北走向，紧邻河海大学、埃斯顿自动化，江南青年城和翠屏湾花园城。车站为地下一层侧式站台,负一层为站厅和站台层。整个车站留有三个出入口。1号口位于车站西南方位，通向将军大道；2号口位于车站西南方位，通向将军大道和佛城西路；3号口位于车站东南方位，通向将军大道和佛城东路。
吉印大道站
吉印大道车站位于将军大道和吉印大道的交界处，地下共2层，呈南北走向，紧邻航天晨光股份有限公司。车站为地下二层岛式站台,负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站留有三个出入口。1号口位于车站西南方位，通向吉印大道；2号口位于车站东南方位，通向将军大道和吉印大道；3号口位于车站东北方位，通向将军大道和吉印大道。
正方中路站
正方中路车站位于将军大道和正方中路、洋珠巷的交界处，高架站，呈南北走向，办公区是独立的三层楼，车站地上共2层，呈南北走向，办公区是独立的三层楼。车站为地上二层岛式站台,一层为站厅，二层为站台层。整个车站留有二个出入口。1号口位于将军大道的西侧，通向将军大道和正方中路。2号口位于车站东侧，通向将军大道和正方中路。
翔宇路北站
翔宇路北站位于江宁区翔宇路最北端，为高架岛式站台，呈南北走向。翔宇路北站为高架岛式站台,办公楼为独立的三层。整个车站有两个出入口，1、2号口位于新生路东西两侧。
翔宇路南站
翔宇路南站位于翔宇路以南，呈南北走向。车站为地面二层侧式（双岛式）站台,一层为站厅，二层为站台层。整个车站留有四个出入口。1号口位于车站西侧，通向小圩王村；2号口位于车站西南侧，通向机场线基地；3号口位于南侧，通向周家村；4号口位于神州路东侧。
禄口机场站
禄口机场站位于禄口国际机场T1航站楼与新建的T2航站楼之间的地下二层，为岛式站台，程东西走向。为岛式站台,负一层为站厅层，负二层为站台层。
空港新城江宁站
空港新城江宁站位于禄口国际机场东部，地下共2层呈东至西走向。空港新城江宁站为地下二层岛式站台车站,一层为站厅层，二层为站台层。整个车站留有2个出入口。1号口位于车站东侧，通向鲲鹏路；2号口位于车站西侧，通向禄口机场。
铜山站
铜山站设计为地面局部两层，地下一层。地下一层为站台（侧式站台），地面一层为站厅。整个车站留有1个出入口。1号口位于金航路。
石湫站
石湫站设计为地上二层侧式站台，呈南北走向，地面一层为站厅，二层为站台。车站有2个出入口，1号口紧邻243省道，通往浦江学院；2号口通往石湫镇。
明觉站
明觉车站设计为地上三层侧式站台，二层为站厅层，三层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口位于宁高公路西侧，2号口位于宁高公路东侧。
团结圩站
团结圩站设计为地上三层侧式站台，二层为站厅层，三层为站台层。整个车站留有两个出入口。2号口位于宁高公路西侧，1号口位于宁高公路东侧。
高淳站
高淳站为高架三层侧式站台,地面三层为站台层，地面二层为站厅层，地面、站厅层与客运枢纽连接的过街通道为商业层。整个车站留有3个出入口。1号口位于车站西南方位,通往长途汽车站（在建）和凤山西路，2号口位于车站东南方位，通往固城湖北路和凤山西路，3号口位于车站东南方位，通往汶溪路和大丰路。
柘塘站
柘塘站位于柘塘镇柘塘新河与安山桥的交界处，呈南北走向。柘塘站车站设计为地面一层，高架一层，柘塘站为岛式站台。整个车站留有3个出入口。
空港新城溧水站
空港新城溧水站为高架站三层岛式站台,二层为站厅，三层为站台层。整个车站留有两个出入口。1号口位于车站北侧，有1A、1B两个出口通向地面；2号口位于车站南侧，有2A、2B两个出口通向地面。
群力站
群力站为高架三层岛式站台，呈南北走向,地面是030县道，二层为站厅层，三层为站台层。整个车站留有二个出入口。1号口位于车站东侧；2号口位于车站西侧。
卧龙湖站
卧龙湖站为高架三层岛式站台，呈南北走向，地面是秦淮大道，二层为站厅层，三层为站台层。整个车站留有二个出入口。1号口位于秦淮大道南边；2号口位于秦淮大道北边。
溧水站
溧水站为地下二层岛式站台,负一层为站厅，负二层为站台层。整个车站留有6个出入口。1号口位于车站东南侧，通向秦淮大道东侧；2号口位于车站东侧，通向交通东路；3号口位于车站东北侧，通向溧水汽车客运站；4号口位于车站的西侧，通往交通路； 5号口位于车站西南侧，通向秦淮大道西侧。
中山湖站
中山湖车站设计为地下3层，地下一层为站厅层，地下二层为设备层，地下三层为站台层。中山湖站为岛式站台。共4个出入口，1号口位于中山东路南侧，2号口位于中山东路北侧往顾家商业广场方向，3号口位于中山东路北侧，往溧水城建集团方向，4号口位于中山东路南侧，往水岸新都方向。
幸庄站
幸庄站为地下一层侧式站台，站台和站厅同层。整个车站共有四个出入口，1号口位于车站东南侧；2号口位于车站东北侧，通往溧水万达广场（在建中）；3号口位于车站西北侧；4号口位于车站的西南侧。
无想山站
无想山站为地下一层侧式站台型车站。主要设备管理用房设于下行线一侧，部分设备管理用房设于上行线一侧。站后设置交叉渡线、存车折返线等。车站设置3组共6个低风亭，2个高风亭（新风亭）。整个车站留有四个出入口。1号口位于车站东南侧，通向无想山；2号口位于车站东北侧，通向石虎名苑小区；3号口位于车站西北侧，通向溧水区城南方向；4号口位于车站的西南侧，通往无想山主变电所。
